Dès le milieu du XIXe siècle, les vins rouges et blancs de l'appellation Graves de Vayres étaient réputés. Dans les éditions de "Bordeaux et ses vins", Cocks et Féret en parlent : " Sans prétendre rivaliser avec les Médoc ou les Saint-Emilion, les vins rouges des Graves de Vayres sont néanmoins pleins de délicatesse. Les premiers crus sont très recherchés du commerce pour leur corps et leur finesse et peuvent être classés parmi les meilleurs vins du Libournais, immédiatement après les deuxièmes crus de Pomerol. Quant aux vins blancs, ils restent toujours en faveur auprès des amateurs du Nord de la France et ils ont acquis une place non négligeable sur plusieurs marchés étrangers. "
De ces années lointaines (1850, 1868, 1890, 1898), il restait des documents assez nombreux et s'appliquant à assez de récoltants pour constituer un usage collectif de l'appellation "Graves de Vayres".
Cette appellation mentionnée également dans les prix courants de Horeau-Beylot et Cie (1890), Jacquet et Fils (1895), Legendre et Cie (1898), négociants à Libourne, ainsi que dans les registres d'inventaires et de commerce de nombreuses maisons bordelaises figuraient sur des étiquettes imprimées depuis 1904 et dans l'exposition d'un sieur Béchaud à la Foire aux vins de Bordeaux en novembre 1909.

Joseph Capus, Ingénieur agricole et Sénateur de la Gironde avait fait voter le 6 mai 1919 la loi qui porte son nom sur les appellations d'origine. Lors du trajet Paris et Bordeaux, il rencontrait fréquemment Jean-Raoul Paul, Directeur général des Chemins de fer du Midi et propriétaire-viticulteur à Vayres.Discutant de l'avenir de la culture girondine, M. Paul estima qu'il y avait lieu de regrouper les producteurs de "Graves de Vayres" pour la protection de leurs vins, souvent victime d'une concurrence déloyale sur certains rnarchés français et étrangers.

Le 3 janvier 1926, le Syndicat viticole des GRAVES DE VAYRES est fondé. Le premier bureau, élu par l' assemblée générale constitutive du même jour et présidé par Jean-Raoul Paul, comprenait deux vice-présidents : Isidore Pagès (Vayres) et le docteur Lacayre ( Arveyres) et un secrétaire-trésorier, M. Lestrille. Il décida, en vertu des usages locaux, loyaux et constants, d'inclure dans l'aire d'appellation Graves de Vayres, les terrains graveleux du plateau d'Arveyres avec ceux de Vayres. Le syndicat fut déclaré et les statuts déposés le 14 janvier 1926.
Restait à faire reconnaître par le Tribunal civil, seule autorité compétente, le droit à l'appellation.
Le syndicat des Graves de Bordeaux prétextant la confusion possible entre les appellations Graves et Graves de Vayres. Le nouveau syndicat viticole de Vayres, défendu pas Maitre Jacques Fonade, avocat à la Cour, gendre de Joseph Brétenet (propriétaire -viticulteur à Montifaut),obtint gain de cause ; le syndicat des Graves fut débouté par le Tribunal dans son jugement du 11 février 1928.
S'étant alors pourvu devant la Cour d'Appel de Bordeaux, il fut à nouveau débouté par l'arrêt que celle-ci rendit le 18 mars 1931 et qui établissait définitivement le droit à l'appellation " GRAVES DE VAYRES " des vins récoltés dans l'aire fixée par le syndicat viticole.

Conformément aux termes de l' Arrêt de la Cour d'Appel et pour éviter toute contestation, une commission composée de deux experts étrangers à la commune (M. Oru, géomètre-expert et M. de Lapouyade, ingénieur agricole) procéda aussitôt soutenus par des documents géologiques et des résultats de nombreux sondages à la délimitation de l'aire d'appellation. Ce rapport fut déposé le 20 avril 1931 à la mairie de Vayres et à la sous-préfecture.

A l'initiative du bureau du syndicat des Graves de Vayres, fut fondée la Société Coopérative du Syndicat des Graves de Vayres, au capital de 50000 francs (500 parts de 100 francs). Les Statuts furent déposés le 4 décembre 1931. Le Conseil d ' Administration comprenait 7 membres : MM. Paul, Président, Lacayre, Pagès, Lestrille, Hostein, Châtelier, Furt. L'assemblée générale du 18 décembre 1932 devait porter le capital à 400 000 francs.
Après avoir entreposé dans les chais de la Maison Legendre au port du Noyer, les vins des années 1931 et 1932, la Société fit construire en 1933 la Cave Coopérative des Graves de Vayres, à l'époque la seconde de la Gironde et dont les premiers directeurs furent MM. Pagès ; Henri Brun, puis Jean Brun.

Lors de la création de l' Institut National des Appellations d'Origine, le décret du 30 juin 1937 avait compris l'appellation " Graves de Vayres " parmi celles de la Gironde. Après la seconde guerre mondiale (1939-1945), la délimitation de 1931 qui devait être confirmée risqua, un moment de subir d'importantes amputations : en 1951, un conflit survint entre le syndicat viticole des Graves de Vayres et l'un des experts mandatés par l' INAO.
Jean-Raoul Paul, toujours président du syndicat n'hésita pas à introduire, en son nom, un recours devant le Conseil d'Etat ( n° 20.968 du 22 juillet 1952). Par l'intermédiaire de leur avocat parisien, Maitre Ravel, les 204 viticulteurs de Vayres "attaquèrent en annulation l'Institut National des Appellations d'Origine, en son principe même de restriction de l'aire de production des " Graves de Vayres ".
Et après de longues négociations, un accord amiable intervint, un nouvel examen de l'aire de production fut décidé. Les 204 viticulteurs requérant signèrent le 30 juin 1961 leur désistement, dont le Conseil d'Etat leur donna acte par arrêt, le 8 janvier 1962.
Une nouvelle Commission d'experts (MM. Bertrand et Levadoux) procéda à la délimitation définitive qui n'apportait que peu de modifications à celle de 1931 et donnait satisfaction aux viticulteurs.

Parmi les premiers syndicat viticole en Gironde, le syndicat institua un contrôle de la qualité des vins par dégustation et analyse dès 1966.
Chaque année et en plusieurs séances, des Commissions tripartites ( négociant, un courtier et un viticulteur )permettent d'officialiser en présence de représentants de l'INAO l'attribution d'appellation " Graves de Vayres " aux vins correspondant aux critères de qualité que ce soit en rouge ou en blanc.

Aujourd'hui, ce principe de fonctionnement n'a pas changé.
La qualité des vins produits sur cette aire d'appellation de 700 hectares, en plein cœur du bordelais est toujours d'actualité.
Le syndicat organise chaque année des séances de pré-agrément présidées par un œnologue. Lors de ces dégustations en aveugle, auxquelles sont invitées tous les producteurs de Graves de Vayres, quelques œnologues, coutiers, cavistes… et représentant de l'INAO, une évaluation des vins présentés est réalisée: chaque vin est analysé, des suggestions collégiales sont proposées afin de parfaire leur qualité ou corriger d'éventuels défauts. " Cet agrément en blanc " leur permet d'augmenter leur chance de réussite lors de l'agrément présidé par l'INAO et améliore de façon générale la qualité de nos vins d'Appellation GRAVES DE VAYRES Contrôlée.

Une commission de suivi du vignoble a été mise en place en 2003. Cette commission technique, composée de membres du bureau du syndicat viticole et de viticulteurs, visite le vignoble afin de faire le point sur les modifications à apporter à la conduite de la vigne ou, pour faire le point sur l'état de réalisation du plan de travaux communiqué par les producteurs d'AOC Graves de Vayres à la commission.
Cette commission est consultative. Son rôle de conseil et de médiation devient primordial. En effet, face une concurrence internationale de plus en plus incisive, la qualité de nos vins résultant avant tout du travail à la vigne et au chai doit être irréprochable.